בטקס אלכימי שהשתבש, אדוארד אלריק איבד את זרועו ורגלו, ואחיו אלפונס הפך לנשמה הכלואה בתוך חליפת שריון. מצויד בגפיים מכניות מסוג "אוטו-מייל", אדוארד הופך לאלכימאי מדינה ויוצא במסע חיפושים אחרי הדבר היחיד שיוכל להחזיר לו ולאחיו את גופם – אבן החכמים האגדית
כאשר אדוארד מוצא את עצמו כלוא ופצוע במעבדה אלכימית סודית, הוא נתון לחסדיהם של אויביו, לאסט ואנבי, שלא רוצים במותו, אלא יש להם תוכניות אחרות עבורו. בעוד המעבדה עולה בלהבות, האחים מוצאים את עצמם בנקודת ההתחלה, עם רק רמזים מעטים על ממדי הקנוניה הקשורה לאבן החכמים. בינתיים, לוטננט קולונל מאס יוז חושף סוד מזעזע...
